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垫料补充与更新。
发酵床在消化分解粪尿的同时，垫料也会逐步损耗，及时补充垫料是保持发酵床性能稳定的重要措施。通常垫料减少量达到10%后就要及时补充，补充的新料要与发酵床上的垫料混合均匀，并调节好水分。 发酵床垫料的使用寿命是有一定期限的，日常养护措施到位，使用寿命相对较长，反之则会缩短。当垫料达到使用期限后，必须将其从垫料槽中彻底清出，并重新放入新的垫料，清出的垫料送堆肥场，按照生物有机肥的要求，做好陈化处理，并进行养分、有机质调节后，作为生物有机肥出售。垫料是否需要更新，可按以下方法进行判断：
1、高温段上移。通常发酵床垫料的温度段应该位于床体的中部偏下段，保育猪发酵床为向下20-30cm处、育成猪发酵床为向下40-60cm处，如果日常按操作规程养护，高温段还是向发酵床表面位移，就说明需更新发酵床垫料了。可以在加大有机物含量小的垫料加以混合，比如锯末。
2、发酵床持水能力减弱，垫料从上往下水分含量逐步增加。当垫料达到使用寿命，供碳能力减弱，粪尿分解速度减慢，水分不能通过发酵产生的高热挥发，会向下渗透，并且速度逐渐加快，该批畜禽出栏后应及时更新垫料。
3、圈舍出现臭味，并逐渐加重。

发酵床垫料发酵成功的标准：
刚发酵好的垫料手感松软，略带酸香或清香味，有时会见到白色的菌丝，温度在30～40℃左右。

发酵床垫料组成
发酵床主要由有机垫料组成，垫料主要成分是稻壳、锯末、树皮木屑碎片、、酒糟、粉碎桔杆、干生牛粪等。锯末占大部分，其他的占少部分。另外要加土和粗盐。土的用量为总材料重量的10%左右，要求是没有用过化肥农药的干净泥土；盐的用量为总材料的0.3%；1立方米的垫料用百益宝EM原液2公斤或**能垫料发酵粉50-100克。
理论上所有的有机物料都能用来制作垫料，但从使用效率及实际应用效果来看，通常应选择碳供应强度大、供碳能力均衡持久以及通透性、吸附性好的材料作为主要原料。如木屑、米糠、草炭、秸秆粉等；同时为确保垫料制作过程生物发酵的进程及效果，常选择其它一些原料作为辅助原料。
垫料原料按照不同分类方式，可以划分成不同的类型。如按使用量划分，可以分为主料和辅料：
1、主料：顾名思义就是制作垫料的主要原料，通常这类原料占到物料比例的60%以上，由一种或几种原料构成，常用的主料有木屑、草炭、秸秆粉、花生壳、蘑菇渣。
2、辅料：主要是用来调节物料水分、pH、通透性的一些原料，由一种或几种原料组成，通常这类原料占整个物料的比例不**过40%。常用的辅料有稻壳粉、麦麸、饼粕、玉米面。
如按原料性质划分，可以分为碳素原料、氮素原料和调理剂类原料：
1、碳素原料：是指那些有机碳含量高的原料，这类原料多用作垫料的主料，如木屑、谷壳、秸秆粉、草炭、蘑菇渣、糠醛渣等。
2、氮素原料：通常是指那些有机物含量高的原料，并多作为垫料的辅料，如养猪场的新鲜猪粪、南方糖厂的甘蔗滤泥、啤酒厂的滤泥等，这类原料通常用来调节C/N。
3、调理剂类原料：主要指用来调节pH值的原料，如生石灰、石膏以及稀酸等；有时也将调节C/P的原料如过磷酸钙、磷矿粉等归为调理剂；此外还包括一些能量调理剂，如红糖或糖蜜等，这类有机物加入后可提高垫料混合物的能量，使有益微生物在较短的时间内激增到一个庞大的种群数量，所以又俗称“起爆剂”。

发酵床垫料的更换：
牲畜每批次转栏或出栏后，应对圈舍进行*立体的消毒处理，然后补充部分新鲜木屑或秸秆粉及适量发酵床菌种，调节水分至50%左右，将垫料在圈栏中堆积起来进行发酵处理，温度上升到50℃以上高温24小时后，即可作为发酵床垫料重新使用。

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